Khi quân đội Minamoto thống nhất rời Kyoto, nhà Taira bắt đầu củng cố các vị trí của mình tại nhiều nơi trong và xung quanh biển nội Seto, vốn là đất tổ tiên của họ. Họ nhận được thư của Thiên hoàng rằng nếu họ đầu hàng trước ngày mồng 7 tháng 2, nhà Minamoto sẽ bị thuyết phục đồng ý đình chiến. Đò là một trò hề, vì cả nhà Minamoto lẫn Thiên hoàng đều không đợi đến ngày thứ 8 mới tấn công. Tuy nhiên, chiến thuật này cho Thiên hoàng một cơ hội để lấy lại các thần khí và làm sao lãng sự lãnh đạo của nhà Taira.

Quân đội Minamoto, dẫn đầu bởi Yoshitsune và Noriyori, thực hiện cuộc tấn công lớn đầu tiện tại Ichi-no-Tani, một trong những thành chính của nhà Taira tại đảo Honshū. Thành bị bao vây, và quân Taira rút lui đến Shikoku. Tuy nhiên, nhà Minamoto không chuẩn bị tấn công Shikoku; 6 tháng đình chiến sau đó rồi nhà Minamoto mới tiến tiếp. Mặc dù trên đường rút chạy, nhà Taira có lợi thế riêng ở quê hương, và giỏi thủy chiến hơn đối thủ của mình nhiều.

Gần một năm sau trận Ichi-no-Tani, thành chính của nhà Taira tại Yashima mới bị tấn công. Thấy lửa hiệu từ trên đảo Shikoku, nhà Taira hy vọng một cuộc tấn công trên bộ và lên thuyền của mình. Tuy vậy, đây là đòn nghi binh của nhà Minamoto, họ vẫn chờ với thủy quân của mình. Thành Yashima thất thủ, cùng với cung điện hoàng gia tạm thời được nhà Taira xây dựng, tuy vậy, nhiều người đã chạy thoát cùng với thần khí và Thiên hoàng Antoku.

Chiến tranh Genpei kết thúc một tháng sau đó, sau trận Dan-no-ura, mổ trong những trận đánh nổi tiếng và quan trọng nhất trong lịch sử Nhật Bản. Nhà Minamoto chạm trán hạm đội nhà Taira tại eo biển Shimonoseki, một khoảng nước nhỏ phân cách giữa đảo Honshu và đảo Kyūshū. Sau hàng loạt cung tên, sáp chiến bắt đầu. Thủy triều đóng vai trò quan trọng trong sự phát triển của trận đánh, ban đầu mang lợi thế cho nhà Taira, những thủy thủ kinh nghiệm và tài giỏi hơn, và sau đó là cho nhà Minamoto. Lợi thế của nhà Minamoto được nâng cao nhiều nhờ sự phản bội của Taguchi Shigeyoshi, một tướng quân của nhà Taira nói ra vị trí của Thiên hoàng Antoku và thần khí. Nhà Minamoto chuyển sự chú ý của mình đến con thuyền của Thiên hoàng, và trận đánh nhanh chóng chuyển hướng có lợi cho họ.

Quy tắc hải chiến thời đó quy định không bắn vào người lái thuyền, chỉ bắn chết võ sĩ samurai, tức là thành viên chiến đấu. Sở dĩ như vậy, vì người lái thuyền đều là dân chài, không phải quân lính, nếu bắn chết họ thì sau này họ sẽ không lái thuyền cho quân đội nữa, thủy quân cũng không hình thành nổi. Tuy vậy, Yoshitsune vốn là người miền Ðông, không nghĩ xa tới tương lai thủy quân, nên đã phá lệ cũ, nhằm bắn người lái thuyền trước nhất. Người lái thuyền không mặc giáp trụ, nên bị trúng tên thì bị thương nặng không lái thuyền được nữa. Vì vậy, họ sợ bỏ chạy hết, khiến đoàn thuyền của Taira không xoay xở được. Các tướng Taira đã thốt lên "Yoshitsune là đồ hèn!" mà chết đi..

Nhiều samurai của nhà Taira, cùng với Thiên hoàng Antoku và bà nội ông Taira no Tokiko, góa phục của Taira no Kiyomori, trẫm mình xuống làn sóng nước thay vì sống để thấy sự thất bại cuối cùng của gia tộc mình về tay nhà Minamoto.